Клуб был основан в 1905 году на волне политической нестабильности в стране. 30 июля Хуаном Мануэлем Сосой Эскаладой был основан клуб, название которого в переводе с испанского означает «Свобода» (Libertad).
С момента своей первой победы в первенстве Парагвая в 1910 году «Либертад» всегда старался позиционировать себя в качестве третьей силы в клубном футболе страны после двух доминирующих команд — «Олимпии» и «Серро Портеньо». Но в этом плане у «Либертада» есть конкурент — другой столичный клуб «Гуарани». Последние не выигрывали чемпионата страны с 1984 года, однако по прежнему собирают на стадионе больше болельщиков, чем на матчах «Либертада». Однако у «чёрно-белых» есть неоспоримое преимущество: у «Гуарани» лишь 9 чемпионских титулов, а «Либертад» же с двойной победой в чемпионатах 2008 года довёл это число до 14. Достижения
* Чемпионы Парагвая (15): 1910, 1917, 1920, 1930, 1943, 1945, 1955, 1976, 2002, 2003, 2006, 2007, 2008 (Апертура), 2008 (Клаусура), 2010 (К) * Чемпионы Второго Дивизиона Парагвая (1): 2000 * Полуфинал Кубка Либертадорес (2): 1977, 2006
